Vì niềm tin của họ vào nguyên tử không có căn cứ khoa học, không xuất phát từ bất cứ thông tin khoa học nào và không khẳng định được nó. Đó chỉ đơn giản là những "tư tưởng triết học" về thế giới và sự tồn tại. Nguyên tử được phát minh ra trên cơ sở của các nghiên cứu và lý thuyết khoa học. Vào đầu thế kỷ XIX chỉ có những nhà triết học nghiên cứu các câu hỏi về cấu tạo của vật chất và thực thể. Về sau này vào năm 1803 có nhà hoá học, toán học người Anh John Dalton là người đầu tiên phát triển lý thuyết khoa học về nguyên tử. Dalton là một nhà thực nghiệm vô cùng cần
mẫn. Ông tỷ mỉ cân các mẩu của các chất khí và nhận thấy sự khác nhau về khối lượng của chúng. Ông cũng thấy rằng chất khí cũng như các chất rắn và chất lỏng được cấu tạo từ những phần rất nhỏ và ông gọi đó là các nguyên tử. Ông Dalton đã tính được khối lượng tương đối của nguyên tử của các nguyên tố nên ông ta biết. Khi Dalton xác định được rằng các nguyên tử của những nguyên tố khác nhau có cấu tạo và khối lượng khác nhau, thì ông ta thực sự đã đặt nền móng cho những khám phá về nguyên tử. Tuy nhiên cho đến lúc đó vẫn chưa có được giải thích chính xác thế nào là nguyên tử và vai trò của nó.
Gần 100 năm sau một nhà khoa học khác người Anh tên là Ernétxtô Rezerford đã xây dựng lý thuyết về nguyên tử dựa trên sự miêu tả hệ mặt trời : một hạt nhân ở giữa tích điện dương và bao quanh bởi các electron tích điện âm.
Ngày nay các nhà bác học cho rằng nguyên tử được cấu tạo từ các electron, frôtôn, neitrôn, pozitron, netrino, mezon, hyperon. Tóm lại, ta đã tìm ra hơn 20 phần khác nhau trong cấu tạo các nguyên tử. Tuy nhiên có một điều kỳ lạ là cho đến nay vẫn chưa có một lời giải thích đầy đủ về nguyên tử.
